Řídící orgán: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Alokace: 2,77 mld. EUR
Zaměření:
Posílení kapacit pro výzkum, rozvoj vysokých škol a lidských zdrojů pro výzkum a vývoj a rovný přístup ke kvalitnímu předškolnímu, primárnímu a sekundárnímu vzdělávání.

Podporované oblasti:
Prioritní osa 1: Posilování kapacit pro kvalitní výzkum
Prioritní osa 2: Rozvoj vysokých škol a lidských zdrojů pro výzkum a vývoj
Prioritní osa 3: Rovný přístup ke kvalitnímu předškolnímu, primárnímu a sekundárnímu vzdělávání
Prioritní osa 4: Technická pomoc

Řídící orgán: Ministerstvo práce a sociálních věcí
Alokace: 2,15 mld. EUR
Zaměření:
Podpora zaměstnanosti a adaptability pracovní síly, sociální začleňování a boj s chudobou, sociální inovace a mezinárodní spolupráce a efektivní veřejná správa.

Podporované oblasti:
Prioritní osa 1: Podpora zaměstnanosti a adaptability pracovní síly
Prioritní osa 2: Sociální začleňování a boj s chudobou
Prioritní osa 3: Sociální inovace a mezinárodní spolupráce
Prioritní osa 4:  Efektivní veřejná správa
Prioritní osa 5: Technická pomoc

Řídící orgán: Ministerstvo dopravy
Alokace: 4,70 mld. EUR
Zaměření:
Silniční a železniční doprava, silniční infrastruktura.

Podporované oblasti:
Prioritní osa 1: Infrastruktura pro železniční a další udržitelnou dopravu
Prioritní osa 2: Silniční infrastruktura na síti TEN-T a veřejná infrastruktura pro čistou mobilitu
Prioritní osa 3: Silniční infrastruktura mimo síť TEN-T
Prioritní osa 4: Technická pomoc

Řídící orgán: Ministerstvo životního prostředí
Alokace: 2,64 mld. EUR
Zaměření:
Zlepšování kvality vody a snižování rizika povodní, zlepšování kvality ovzduší v lidských sídlech, nakládání s odpady, ochrana a péče o přírodu a krajinu a energetické úspory.

Podporované oblasti:
Prioritní osa 1: Zlepšování kvality vod a snižování rizika povodní
Prioritní osa 2: Zlepšování kvality ovzduší v lidských sídlech
Prioritní osa 3: Odpady a materiálové toky, ekologické zátěže a rizika
Prioritní osa 4: Ochrana a péče o přírodu a krajinu
Prioritní osa 5: Energetické úspory
Prioritní osa 6: Technická pomoc

Řídící orgán: Ministerstvo pro místní rozvoj
Alokace: 4,64 mld. EUR
Zaměření:
Doprava v regionech, zkvalitnění veřejných služeb, veřejná správa.

Podporované oblasti:
Prioritní osa 1: Konkurenceschopné, dostupné a bezpečné regiony
Prioritní osa 2: Zkvalitnění veřejných služeb a podmínek života pro obyvatele regionů
Prioritní osa 3: Dobrá správa území a zefektivnění veřejných institucí
Prioritní osa 4: Komunitně vedený místní rozvoj
Prioritní osa 5: Technická pomoc

Řídící orgán: Magistrát hlavního města Prahy
Alokace: 201,6 mil. EUR
Zaměření:
Posílení výzkumu, technologického rozvoje a inovací, udržitelná mobilita a energetické úspory, podpora sociálního začleňování a boj proti chudobě, vzdělání a vzdělanost a podpora zaměstnanosti.

Podporované oblasti:
Prioritní osa 1: Posílení výzkumu, technologického rozvoje a inovací
Prioritní osa 2: Udržitelná mobilita a energetické úspory
Prioritní osa 3: Podpora sociálního začleňování a boj proti chudobě
Prioritní osa 4: Vzdělání a vzdělanost a podpora zaměstnanosti
Prioritní osa 5: Technická pomoc

Řídící orgán: Ministerstvo pro místní rozvoj
Alokace: 0,22 mld. EUR
Zaměření:
Operační program Technická pomoc je svým způsobem specifický servisní program pro zajištění kvalitní implementace Dohody o partnerství, zajištění administrativní kapacity a zabezpečení jednotného monitorovacího systému na základě vysoké úrovně elektronizace dat.

Podporované oblasti:
Prioritní osa 1: Podpora řízení a koordinace Dohody o partnerství
Prioritní osa 2: Jednotný monitorovací systém

Řídící orgán: Ministerstvo zemědělství
Alokace: 31,1 mil. EUR
Zaměření:
Udržitelná a konkurenceschopná akvakultura založená na inovacích, konkurenceschopnosti, znalostech a účinnějším využití zdrojů, rozvoj udržitelného chovu ryb v České republice a zajištění rovnoměrných dodávek sladkovodních ryb během roku na domácí trh včetně rozvoje mimoprodukčních funkcí rybníků.

Podporované oblasti
Priorita Unie 2:Podpora environmentálně udržitelné, inovativní a konkurenceschopné akvakultury založené na znalostech a účinně využívající zdroje
Priorita Unie 3:  Podpora provádění společné rybářské politiky
Priorita Unie 5: Podpora uvádění na trh a zpracování

Řídící orgán: Ministerstvo zemědělství
Alokace: 2,31 mld. EUR
Zaměření:
Rozvoj venkova, zlepšení stavu životního prostředí obnovou, zachováním a zlep- šením ekosystémů souvisejících se zemědělstvím a lesnictvím

Podporované oblasti:
Priorita 1: Podpora předávání poznatků a inovací v zemědělství, lesnictví a ve venkovských oblastech
Priorita 2: Zvýšení životaschopnosti zemědělských podniků a konkurenceschopnosti všech druhů zemědělské činnosti ve všech regionech a podpora inovativních zemědělských technologií a udržitelného obhospodařová- ní lesů
Priorita 3: Podpora organizace potravinového řetězce, včetně zpracovávání zemědělských produktů a jejich uvádění na trh, dobrých životních podmínek zvířat a řízení rizik v zemědělství
Priorita 4: Obnova, zachování a zlepšení ekosystémů souvisejících se zemědělstvím a lesnictvím
Priorita 5: Podpora účinného využívání zdrojů a podpora přechodu na nízkouhlíkovou ekonomiku v odvětvích zemědělství, potravinářství a lesnictví, která je odolná vůči klimatu
Priorita 6: Podpora sociálního začleňování, snižování chudoby a hospodářského rozvoje ve venkovských oblastech